Stimmen denn die Höhen in TransDEM? Ich würde zunächst einmal vermuten, dass der Fehler schon dort auftritt.
Es gibt diverse Möglichkeiten, die Höhenkorrektur in TransDEM deutlicher sichtbar zu machen. Zuerst natürlich die Höhenangabe für die Mauszeigerposition im Klartext in der Statuszeile. Dann würde ich für Höhenkorrektur die drei Optionen in der Werkzeugleiste einschalten: Geglättete Darstellung, Schummerung/Schattierung, Höhenlinien. Und dann ggf. noch den Knopf, der die Farbpalette für den angezeigten Ausschnitt festhält, siehe Bild:
Bei der Höhenkorrektur muss man auf "absolut" und "relativ" achten. Absolut gibt es zum einen als Option für jeden Punkt, aber auch für die gesamte Neuberechnung. Wird dort "absolut" gewählt, so werden die bisherigen Höhendaten eines Dreiecks verworfen.